Forblaze MD Sandbox ドキュメント

1. 概要

Forblaze MD Sandboxは、ブラウザ上でリアルタイムに分子動力学（MD）計算を実行し、その結果を即座に可視化・操作できるシミュレーション・サンドボックスです。

2. 主な機能

• リアルタイム計算: ブラウザ内でMD計算を継続的に実行。
• インタラクティブ操作: 原子をマウスで掴んで動かすなどの操作が可能。
• 環境制御: 温度、圧力、タイムステップなどをリアルタイムに変更。
• プリセット: アルゴン、水、塩化ナトリウムなどのモデルを即座に構築。

3. 技術仕様

計算エンジンおよび描画エンジンはRust言語で記述され、WebAssembly (WASM) および WebGPU を通じて実行されます。

4. 近似に関する注記

リアルタイム性を維持するため、以下の近似を採用しています。

静電相互作用（実空間近似）

計算負荷を抑えるため、Damped Shifted Force (DSF) 法を採用しています。

アンサンブル制御（弱結合法）

温度および圧力の制御には、**Berendsen法（弱結合法）**を使用しています。

分子内ポテンシャルと剛体制約

結合および結合角には、単純な調和（Harmonic）ポテンシャルを使用しています。